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微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。食品工業(醬油釀造、制乳酪、制面包、點心、通心粉、Chemicalbook肉類加工、釀酒、制蛋白水解物、脫腥、氨基酸調料、凝乳、嫩肉粉等);日用化學工業(洗滌劑添加劑、牙膏、化妝品等)；皮革工業(脫毛、軟皮)；制明膠；制膠原纖維；制藥；處理廢感光膠片；飼料工業、石油工業(脫蠟)等。圖1為蛋白酶的空間結構專一性蛋白酶對其水解的肽鍵鄰近的基團有一定的專一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分別要求其作用的肽鍵鄰近有游離的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽鍵的羧基端為芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶則要求為堿性氨基酸(賴氨酸或精氨酸等)。